Władze AFiB Vistula Filii w Olsztynie i Kętrzynie stanowią:
Pion dydaktyczny:
- Rektor dr hab. Wawrzyniec Konarski, prof. AFiB Vistula
- Dziekan Wydziału Nauk Humanistyczno-Społecznych i Technicznych dr Mariusz Wawrzyniak, prof. AFiB Vistula
- Dziekan Wydziału Nauk o Zdrowiu dr Anna Prusik, prof. AFiB Vistula
- Dziekan Filii w Kętrzynie dr Adam Dolny
Pion administracyjny:
- Dyrektor Generalny dr Ali Sengul
- Zastępca Dyrektora Generalnego mgr Aleksandra Friedberg
